На початку фільму, 1 листопада 1981 року, професор Альбус Дамблдор і професор Мінерва Макґонаґел зустрічаються біля будинку номер 4 вулиці Прайвет Драйв (англ. Privet Drive), Літтл Уїнгінг, що на околиці графства Суррей, Англія. Вони обговорюють останні події чарівного світу. Лорд Волдеморт, найсильніший і зловісний темний чаклун всіх часів, нарешті переможений. На жаль, він поніс із собою в могилу двох своїх останніх жертв: Лілі та Джеймса Поттерів. А їх маленький син, Гаррі, якимсь чином зумів вижити. На згадку від зустрічі з Волдемортом, йому залишився тільки шрам у вигляді блискавки. Гаррі судилося стати легендою чарівного світу, Хлопчик-Який-Вижив, і Дамблдор вважає, що краще б Гаррі ріс подалі небажаної слави і уваги, які оточували б його у світі чарівників. Напіввелетень Геґрід, гоґвордський лісник і близький друг Дамблдора, приносить двом професорам дитину Поттерів. Гаррі віддають на піклування родичам-маґлам(що їм вельми не подобається), сестрі його матері Петуньї Дурслі і її чоловіку Вернону. У Дурслів є і свій власний син — зіпсований і розбещений Дадлі. Дурслі ненавидять магію і приховують від Гаррі, що він володіє магічними здібностями, натомість кажучи, що його батьки загинули в автомобільній катастрофі. Вони погано поводяться з Гаррі — так, наприклад, йому доводиться спати в комірці під сходами, де водяться павуки. Гаррі Поттер з родиною Дурслів відправився в зоопарк до тераріуму, там він розмовляє з удавом, але Дадлі штовхнув його,і Гаррі зробив так, щоб скло зникло і удав поповз, перед цим подякувавши Гаррі за звільнення. Дадлі ж залишився в тераріумі замість змії, а скло знову з'явилося на своєму місці. До Гаррі за тиждень до свого одинадцятого дня народження починають прилітати сови, що приносять листи, в яких хлопчик запрошується навчатись у Гоґвортсі — школі для юних чарівників, де навчають чаклунству та магії. Дурслі намагаються перешкодити Гаррі отримати листа і тому відвезли хлопчика на маленький острів, але Геґрід знаходить їх і розказує Гаррі правду про його сім'ю, про магічний світ, хоча Дурслі намагались перешкодили йому, за що він завдяки своїй парасольці зробив Дадлі поросячий хвостик. В «Дірявому Казані» Геґрід і Гаррі Поттер зустрічають нового викладача, а з звідти вони вирушають на Алею Діаґон, де Гаррі купує все, що потрібне для навчання. Там же Гаррі дізнається про вбивцю своїх батьків — Волдеморта, чарівника, якого бояться дотепер, не зважаючи на те, що він вже переможений. Між Гаррі і Волдемортом існує багато спільного — в їх чарівних паличках знаходиться два пера з хвоста одного і того ж фенікса. Не зважаючи на протести Дурслів, Гаррі відправляється в школу, де вчитиметься чаклувати. Він знайомиться з Роном Візлі — хлопчиком із бідної чаклунської родини. Рон вражений шрамом Гаррі, але не переляканий його репутацією. У Рона є щур Скреберс(англ. Scabbers), також в поїзді він знайомиться з дівчиною Герміоною Ґрейнджер — докучливою всезнайкою. Після прибуття в Гоґвортс, всіх нових учнів розподіляють до чотирьох гуртожитків, даючи їм приміряти старий капелюх, який колись належав одному із засновників школи, Ґодрику Ґрифіндору. Кожний факультет відрізняється від інших: в Слизерин потрапляють амбітні люди, що досягають своїх цілей будь-якими засобами; Рейвенклов стане будинком для тих, хто якнайбільше цінує мудрість і гострий розум; сміливці стануть Ґрифіндорцями, ну а студенти Гафелфпафу відрізняються чесністю, працьовитістю і справедливістю думок (часто туди потрапляють ті, кому не підходять інші факультети). Капелюх говорить, що Гаррі важко відправити на який-небудь факультет. Капелюх спочатку вирішує відправити Гаррі до Слизерину, проте Поттер не хоче до цього гуртожитку, адже там навчалися всі лихі чаклуни, у тому числі й Лорд Волдеморт. Після цього капелюх відправляє Гаррі в Ґрифіндор. Туди ж потрапляють Рон і Герміона. Драко Мелфой, грубий і зарозумілий, потрапляє в Слизерин. У школі Гаррі все більше дізнається про світ чарівників. У газеті для чарівників повідомляється, що невідомі проникли в банк Ґрінґотс того дня, коли там були вони з Геґрідом, але камера № 713, яку вони хотіли обікрасти, виявилася порожньою. На уроці у Мадама Гуч Невілу Лонґботому не щастить, літаючи на мітлі він зачепився за дах і впав на землю; Мадам Гуч розуміє, що у хлопчика зламано зап'ясток і веде його в лікарню, а Мелфой знаходить його Нагадайка і забирає його собі. Тоді Гаррі без дозволу вчителя (не зважаючи на попередження Герміони), летить за Драко і забирає Нагадайка. Проте професорка Макґонаґел, замість того щоб покарати хлопчика, запрошує його в ґрифіндорську команду з Квідичу — головному і найпопулярнішому виду спорту в магічному світі. На уроці професора Флитвіка, у Рона ніяк не виходить замовляння і Герміона називає його невмілим. Після уроків Рон зізнається, що розуміє, чому з Герміоною ніхто не товаришує. Це дуже образило дівчинку. Герміона біжить в туалет де закривається і плаче. У той же час хтось випустив троля з підземелля на волю, і усіх просять піти в свої гуртожитки. Гаррі і Рон згадали, що Герміона не знає про троля і кинулись рятувати її, проте вони зітнулися з тролем. В битві троль схопив Гаррі за ноги, проте Рон вимовляє заклинання Вінгардіум Левіоза і палиця троля зависає у повітрі, падає на голову тролеві. Герміона бере всю провину на себе і каже, що вона хотіла здолати троля самотужки, професорка Макґонаґел розчарована, що Герміона могла подумати що сама здолає троля, а обох хлопців Макґонаґел нагороджує п'ятьма баламив за хоробрість. На Різдво Гаррі отримує мантію-невидимку, яка колись належала його батькові. Гаррі знаходить Дзеркало Яцрес, де бачить своїх батьків. Дамблдор радить йому перестати дивитися в дзеркало, оскільки воно з часом замінює людям реальний світ, і вони вже не можуть відійти від нього. Гаррі, Рон і Герміона дізнаються що в одному з коридорів Гоґвортсу, куди заборонено заходити учням, є трьохголовий пес, якого Геґрід назвав Пушком, що охороняє люк. Подумавши, вони вирішили, що Пушок швидше за все охороняє легендарний філософський камінь, за допомогою якого можна приготувати еліксир життя. Друзі вирішують, що Северус Снейп, зловісний професор зілля і настійок і голова факультету Слизерин, намагається вкрасти камінь, щоб повернути Волдемортові силу. Вважаючи, що камінь вкрадуть, Гаррі, Рон і Герміона вирішують забрати його першими. Впоравшись із захисними заклинаннями і пастками, встановленими викладачами школи, вони дізнаються, що камінь намагається вкрасти не Снейп, а професор Квірел. Снейп весь час намагався захистити Гаррі. Гаррі переживає другу зустріч з Волдемортом, що знаходиться в Квірела на потилиці. Квірел вмирає, спалений дотиком Гаррі, а Волдеморт знову зникає.